18 marca 1657 roku zapisał się w historii miasta Pilzna najczarniejszymi zgłoskami. Tego dnia na miasteczko najechały wojska Rakoczego.
Ale dla Pilzna bardzo niespokojny był cały wiek siedemnasty. W latach 1641, 1652, 1665 i 1675 r. nawiedzały go epidemie cholery, dżumy, czarnej ospy, tyfusu i zarazy dziesiątkujące mieszkańców.
Pilźnianie musieli też borykać się z najazdami obcych wojsk w czasie potopu szwedzkiego i wojny z Rosją oraz ciągłymi przemarszami wojsk koronnych. Na dodatek musieli płacić liczne kontrybucje wojenne.
W 1655 roku na Pilzno najechały wojska króla Karola X Gustawa, w 1656 r. miasteczko ograbiły wojska kwarciane, a 18 marca 1657 r. zniszczyły go prowadzone przez Rakoczego wojska węgierskie, z którymi szli także kozacy. Mieszkańcy stawili im zaciekły opór, ale nie zdołali się obronić.
Miasto zostało złupione, a na koniec spalone. Do tego stopnia, że na murze nadwątlonego pożarem kościoła klasztornego pilźnianie zawiesili tylko uratowaną część obrazu Matki Bożej, który był tu od ok. 1500 roku.
Bronisław Chlebowski w tomie siódmym Słownika geograficznego Królestwa Polskiego i innych krajów słowiańskich pisze, że zniszczenia wojenne zachwiały podstawą gospodarki miasta, a upadek targów i rzemiosła przyczynił się do niemal całkowitego upadku Pilzna. Według lustracji przeprowadzonej w 1663 r. miasto liczyło zaledwie 36 „lichych domów”. A przecież wcześniej było ich tu 204.